Prof. Dr. Stefan Schuster

Formation scolaire:
1968-1979 à Meissen (Allemagne)
1979 Baccalauréat avec "Distinction"

Formation universitaire:
1981-1986 Etudes supérieures en biophysique à l’Université Humboldt de Berlin

Thèse de doctorat:
1986-1988 Thésard à l’Université Humboldt de Berlin, sous la direction de Reinhart Heinrich

1988 Dissertation "Theoretische Untersuchungen über den Zusammenhang zwischen Zeithierarchie in enzymatischen Reaktionssystemen und Optimalitätsprinzipien" (« Etudes théoriques sur la relation entre la hiérarchie temporelle dans des systèmes de réactions enzymatiques et des principes d’optimalité »)

Mention summa cum laude

Carrière:
1987-1991 Assistant de recherche à l’Institut de Biophysique de l’Université Humboldt

1991-1992 Stage postdoc dans le laboratoire du Pr Jean-Pierre Mazat à l’Université Bordeaux II (France), modélisation des processus dans les mitochondries

1992-1993 Trois mois stage postdoc à l’Institut Néerlandais du Cancer à Amsterdam dans le groupe de Hans Westerhoff, recherche sur la Théorie du contrôle métabolique
1993-1997 Maître assistant à l’Institut de Biophysique de l’Université Humboldt, dépuis1996 Maître de conférence (Privatdozent)
1997 - 2003 Chercheur au Centre Max Delbrück de Médicine Moléculaire à Berlin-Buch, de 1998 – 2003 avec une Bourse Heisenberg de la Fondation Allemande de Recherche (DFG)  
1997 Visite de trois mois à l’Université Maribor (Slovénie), Département de Physique (groupe du Pr. M. Brumen)
1998 Visite de deux mois à l’Université de Stuttgart, Institut du Génie Biologique (Pr. M. Reuss)
Dépuis 2003 Professeur titulaire en Bioinformatique à l’Université Friedrich Schiller d'Iéna
2008-2014: Membre du Conseil scientifique de l’Institut Max Planck de Physiologie Moléculaire des Plantes à Golm
Dépuis 2008 Porte-parole du Centre d‘Iéna en Bioinformatique (JCB)
2010-2013: Vice-Doyen de la Faculté de Biologie et Pharmacie de l’Université d'Iéna

2013-2016 Membre du Sénat de l’Université d'Iéna

Membre des sociétés scientifiques:
European Society of Mathematical and Theoretical Biology
International Study Group of Systems Biology (membre du directorat)
DECHEMA e.V.

Prix et distinctions:
Bourse Heisenberg de la Fondation Allemande de Recherche (DFG) (1998-2003)

Comité éditorial:
Editeur du journal “BioSystems”

Publications/Exposés:
Plus de 170 articles originaux dans des journaux internationaux, plus de 80 exposés aux conférences internationales

Les 5 publications les plus importantes:

• S. Schuster, D.A. Fell, T. Dandekar: A general definition of metabolic pathways useful for systematic organization and analysis of complex metabolic networks. Nature Biotechnol. 18 (2000) 326-332.
• T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer: Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathways. Science 292 (2001) 504-507.
• J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, E.D. Gilles: Metabolic network structure determines key aspects of functionality and regulation. Nature 420 (2002) 190-193.
• C. Kaleta, L.F. de Figueiredo, S. Schuster: Can the whole be less than the sum of its parts? Pathway analysis in genome-scale metabolic networks using elementary flux patterns. Genome Res. 19 (2009) 1872-1883.
• C. Kaleta, L.F. de Figueiredo, S. Werner, R. Guthke, M. Ristow, S. Schuster: In silico evidence for gluconeogenesis from fatty acids in humans. PLoS Comp. Biol. 7 (2011) e1002116.

Toutes les publications du professeur Schuster depuis 1987:

http://hades.bioinf.uni-jena.de/LitDB/php/pubindex.phpExternal link

LienExternal link à la liste de publications de Prof. Schuster.

Sélection de la liste des publications:

P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster
The definition of open reading frame revisited
Trends in Genetics 34, 2018, 167-170
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link ]

S. Schuster
A new solution concept for the ultimatum game leading to the Golden Ratio
Scientific Reports 7, 2017, 5642
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link ]

S. Schuster, M. Fichtner, S. Sasso
Use of Fibonacci numbers in lipidomics - Enumerating various classes of fatty acids
Scientific Reports 7, 2017, 39821
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link ]

S. Pande, H. Merker, K. Bohl, M. Reichelt, S. Schuster, L.F. de Figueiredo, C. Kaleta , C. Kost
Fitness and stability of obligate cross-feeding interactions that emerge upon gene loss in bacteria
ISME Journal 8, 2014, 953–962
[ bibtexExternal link |  doi External link ]

K. Schmeisser, J. Mansfeld, D. Kuhlow, S. Weimer, K. Zarse, S. Priebe, I. Heiland, M. Birringer, M. Groth, A Segref, C. Werner, S. Schmeisser, S. Schuster, A. Pfeiffer, R. Guthke, M. Platzer, T. Hoppe, H. Cohen, D. Sinclair, M. Ristow
Role of sirtuins in lifespan regulation is linked to methylation of nicotinamide
Nature Chemical Biology 9, 2013, 693-700
[ bibtexExternal link |  doi External link ]

F. Wessely, M. Bartl, R. Guthke, P. Li, S. Schuster, C. Kaleta
Optimal regulatory strategies for metabolic pathways in Escherichia coli depending on protein costs.
Molecular Systems Biology 7, 2011, 515
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link |  url External link |  PudMed-ID: 21772263External link ]

A. Rezola, L. F. de Figueiredo, M. Brock, J. Pey, A. Podhorski, C. Wittmann, S. Schuster, A. Bockmayr, F.J. Planes
Exploring metabolic pathways in genome-scale networks via generating flux modes.
Bioinformatics 27 (4), Feb, 2011, 534-540
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link |  PudMed-ID: 21149278External link ]

S. Schuster, T. Pfeiffer, D.A. Fell
Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by evolution?
Journal of Theoretical Biology 252, 2008, 497-504
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  PudMed-ID: 18249414External link ]

A. von Kamp, S. Schuster
Metatool 5.0: fast and flexible elementary modes analysis
Bioinformatics 22, 2006, 1930-1931
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  pdf External link |  PudMed-ID: 16731697External link ]

J.A. Papin, J. Stelling, N.D. Price, S. Klamt, S. Schuster, B.O. Palsson
Comparison of network-based pathway analysis methods.
Trends in Biotechnology 22, 2004, 400-405
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  PudMed-ID: 15283984External link ]

J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, ED. Gilles
Metabolic network structure determines key aspects of functionality and regulation.
Nature 420 (6912), 2002, 190-193
[ bibtexExternal link |  PudMed-ID: 12432396External link ]

S. Schuster, M. Marhl, T. Höfer
Modelling of simple and complex calcium oscillations. From single-cell responses to intercellular signalling.
European Journal of Biochemistry 269, 2002, 1333-1355
[ bibtexExternal link |  doi External link |  PudMed-ID: 11874447External link ]

S. Schuster, T. Pfeiffer, F. Moldenhauer, I. Koch, T. Dandekar
Exploring the pathway structure of metabolism: decomposition into subnetworks and application to Mycoplasma pneumoniae
Bioinformatics 18, 2002, 351-361
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  PudMed-ID: 11847093External link ]

S. Schuster, C. Hilgetag, J.H. Woods, D.A. Fell
Reaction routes in biochemical reaction systems: algebraic properties, validated calculation procedure and example from nucleotide metabolism
Journal of Mathematical Biology 45, 2002, 153-181
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link |  PudMed-ID: 12181603External link ]

T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer
Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathway
Science 292, 2001, 504-507
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  PudMed-ID: 11283355External link ]

S. Schuster, DA. Fell, T. Dandekar
A general definition of metabolic pathways useful for systematic organization and analysis of complex metabolic networks
Nat Biotechnol 18, 2000, 326-332
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  PudMed-ID: 10700151External link ]

S. Schuster, T. Dandekar, D.A. Fell
Detection of elementary flux modes in biochemical networks: a promising tool for pathway analysis and metabolic engineering
Trends in Biotechnology 17, 1999, 53-60
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  doi External link |  PudMed-ID: 10087604External link ]

S. Schuster, D. Kahn, H.V. Westerhoff
Modular analysis of the control of complex metabolic pathways
Biophysical Chemistry 48, 1993, 1-17
[ bibtexExternal link | abstractExternal link |  PudMed-ID: 8257764External link ]

Von 1985-2003 habe ich eine Vielzahl von Veranstaltungen in den Studienprogrammen der Biophysik durchgeführt, z.B. in der  Allgemeinen Biophysik,  Biologischen Thermodynamik , Biologischen Systemtheorie, Klassischen Mechanik und Hydrodynamik.

Außerdem habe ich Vorlesungsreihen zur  "Modellierung von biochemischen Reaktionssystemen" an der Universität Stuttgart und am Max-Planck-Institut in Magdeburg gehalten.

Seit ich an der Friedrich-Schiller in Jena arbeite, gebe ich Vorlesungen zur "Einführung in die BioinformatikExternal link"External link, "Metabolische und Regulatorische  Netzwerke de",  "3D-Strukturen biologischer  Makromoleküle de" und "Optimalitätsprinzipien in der Evolution".

Alle Lehrveranstaltungen sind hier zu finden:  https://www.schleiden.uni-jena.de/Bioinformatik_Lehre.htmlExternal link

Voir les détails: https://www.schleiden.uni-jena.de/fr/Bioinformatique_Recherche.html