Themenbild zur Bioinformatik

Prof. Dr. Stefan Schuster

Themenbild zur Bioinformatik
Foto: Jan-Peter Kasper/FSU
Professur für Bioinformatik
Telefon
+49 3641 9-46450
Fax
+49 3641 9-46452
Foto: Anne Günther/FSU
Foto: BI
Foto: BI
Foto: IW
Foto: BI
Foto: JSMC
Foto: JSMC
Foto: IW
Foto: IW
Foto: IW
Foto: IW
Foto: IW
Foto: BI
  • Seite von
Lebenslauf Inhalt einblenden

Schulbildung:
1968-1979 in Meißen
1979 Abitur mit dem Prädikat "Mit Auszeichnung"

Hochschulbildung:
1981-1986 Biophysik-Direktstudium an der Humboldt-Universität zu Berlin,
1986 Verteidigung der Diplomarbeit mit dem Prädikat "Sehr gut" und Abschluss als Diplom-Biologe

Dissertation/Habilitation:
Dissertation "Theoretische Untersuchungen über den Zusammenhang zwischen Zeithierarchie in enzymatischen Reaktionssystemen und Optimalitätsprinzipien",
Verteidigung im April 1988 an der Humboldt-Universität zu Berlin mit dem Prädikat "Summa cum laude". Zuerkennung sowohl des akademischen Grades Doctor rerum naturalium als auch des Grades Doctor scientiae naturalium. Diese Graduierung wurde, zusammen mit der 1990 erworbenen Facultas docendi 1992 als äquivalent mit dem Titel Dr. rer. nat. habil. anerkannt.

Beruflicher Werdegang:
1987-1991 Wissenschaftlicher Assistent am Institut für Biophysik des Fachbereiches Biologie der Humboldt-Universität Berlin.
1991-1992 15 Monate an der Université Bordeaux II, Département de Biochimie Médicale (bei Prof. J.-P. Mazat), Beschäftigung mit der Modellierung der mitochondrialen Energietransduktion
1992-1993 3 Monate am Niederländischen Krebsinstitut, Amsterdam (bei Prof. H.V. Westerhoff), Arbeit an der Modularen Metabolischen Kontrolltheorie
1993-1997 Wissenschaftlicher Oberassistent (C2) am Lehrstuhl für Theoretische Biophysik der Humboldt-Universität Berlin
1996 Berufung zum Privatdozenten an der Humboldt-Universität
Mai 1997 - Juli 98 Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin Berlin-Buch in der Arbeitsgruppe von Dr. Peer Bork (der außerdem am EMBL Heidelberg tätig ist), mehrere Arbeitsbesuche am EMBL
1997 drei Monate an der Universität Maribor (Slowenien), Department of Physics (bei Prof. M. Brumen)
August 1998 – April 2003 Heisenberg-Stipendiat der DFG, Tätigkeit am Max-Delbrück-Centrum Berlin-Buch
November/Dezember 1998 Gastwissenschaftler an der Universität Stuttgart, Institut für Bioverfahrenstechnik (Prof. M. Reuss)
Seit Mai 2003 Leiter des Lehrstuhls für Bioinformatik an der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät der Universität Jena
2008-2014: Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats des Max-Planck-Instituts für Molekulare Pflanzenphysiologie Golm
Seit 2008 Sprecher des Jena Centre for Bioinformatics
2010-2013: Prodekan der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät (jetzt Fakultät für Biowissenschaften) der Friedrich-Schiller Universität Jena
2013-2016 Senator der Friedrich-Schiller Universität Jena

Mitglied wissenschaftlicher Gesellschaften:
European Society of Mathematical and Theoretical Biology
International Study Group of Systems Biology (member of Steering Committee)
DECHEMA e.V.

Preise und Auszeichnungen:
Heisenberg-Stipendium der DFG (1998-2003)

Herausgeberschaften:
Editor des Journals “BioSystems”

Publikationen/Vorträge:
mehr als 150 Originalartikel in internationalen Journalen, mehr als 70 Vorträge bei internationalen Konferenzen

Die 5 wichtigsten Publikationen:

  • S. Schuster, D.A. Fell, T. Dandekar: A general definition of metabolic pathways useful for systematic organization and analysis of complex metabolic networks. Nature Biotechnol. 18 (2000) 326-332.
  • T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer: Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathways. Science 292 (2001) 504-507.
  • J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, E.D. Gilles: Metabolic network structure determines key aspects of functionality and regulation. Nature 420 (2002) 190-193.
  • C. Kaleta, L.F. de Figueiredo, S. Schuster: Can the whole be less than the sum of its parts? Pathway analysis in genome-scale metabolic networks using elementary flux patterns. Genome Res. 19 (2009) 1872-1883.
  • C. Kaleta, L.F. de Figueiredo, S. Werner, R. Guthke, M. Ristow, S. Schuster: In silico evidence for gluconeogenesis from fatty acids in humans. PLoS Comp. Biol. 7 (2011) e1002116.
Publikationen Inhalt einblenden

Alle Publikation von Prof. Schuster ab 1987  finden Sie auf der Publikationsseite des Lehrstuhls:

http://hades.bioinf.uni-jena.de/LitDB/php/pubindex.php

Link zur Publikationsliste von Prof. Schuster bei Google Scholar mit Anzahl der Zitierungen.

Hier eine Auswahl aus der Publikationsliste:

P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster
The definition of open reading frame revisited
Trends in Genetics 34, 2018, 167-170
bibtex | abstract |  doi  ]

S. Schuster
A new solution concept for the ultimatum game leading to the Golden Ratio
Scientific Reports 7, 2017, 5642
bibtex | abstract |  doi  ]

S. Schuster, M. Fichtner, S. Sasso
Use of Fibonacci numbers in lipidomics - Enumerating various classes of fatty acids
Scientific Reports 7, 2017, 39821
bibtex | abstract |  doi  ]

S. Pande, H. Merker, K. Bohl, M. Reichelt, S. Schuster, L.F. de Figueiredo, C. Kaleta , C. Kost
Fitness and stability of obligate cross-feeding interactions that emerge upon gene loss in bacteria
ISME Journal 8, 2014, 953–962
bibtex |  doi  ]

K. Schmeisser, J. Mansfeld, D. Kuhlow, S. Weimer, K. Zarse, S. Priebe, I. Heiland, M. Birringer, M. Groth, A Segref, C. Werner, S. Schmeisser, S. Schuster, A. Pfeiffer, R. Guthke, M. Platzer, T. Hoppe, H. Cohen, D. Sinclair, M. Ristow
Role of sirtuins in lifespan regulation is linked to methylation of nicotinamide
Nature Chemical Biology 9, 2013, 693-700
bibtex |  doi  ]

F. Wessely, M. Bartl, R. Guthke, P. Li, S. Schuster, C. Kaleta
Optimal regulatory strategies for metabolic pathways in Escherichia coli depending on protein costs.
Molecular Systems Biology 7, 2011, 515
bibtex | abstract |  doi  |  url  |  PudMed-ID: 21772263 ]

A. Rezola, L. F. de Figueiredo, M. Brock, J. Pey, A. Podhorski, C. Wittmann, S. Schuster, A. Bockmayr, F.J. Planes
Exploring metabolic pathways in genome-scale networks via generating flux modes.
Bioinformatics 27 (4), Feb, 2011, 534-540
bibtex | abstract |  doi  |  PudMed-ID: 21149278 ]

S. Schuster, T. Pfeiffer, D.A. Fell
Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by evolution?
Journal of Theoretical Biology 252, 2008, 497-504
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 18249414 ]

A. von Kamp, S. Schuster
Metatool 5.0: fast and flexible elementary modes analysis
Bioinformatics 22, 2006, 1930-1931
bibtex | abstract |  pdf  |  PudMed-ID: 16731697 ]

J.A. Papin, J. Stelling, N.D. Price, S. Klamt, S. Schuster, B.O. Palsson
Comparison of network-based pathway analysis methods.
Trends in Biotechnology 22, 2004, 400-405
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 15283984 ]

J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, ED. Gilles
Metabolic network structure determines key aspects of functionality and regulation.
Nature 420 (6912), 2002, 190-193
bibtex |  PudMed-ID: 12432396 ]

S. Schuster, M. Marhl, T. Höfer
Modelling of simple and complex calcium oscillations. From single-cell responses to intercellular signalling.
European Journal of Biochemistry 269, 2002, 1333-1355
bibtex |  doi  |  PudMed-ID: 11874447 ]

S. Schuster, T. Pfeiffer, F. Moldenhauer, I. Koch, T. Dandekar
Exploring the pathway structure of metabolism: decomposition into subnetworks and application to Mycoplasma pneumoniae
Bioinformatics 18, 2002, 351-361
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 11847093 ]

S. Schuster, C. Hilgetag, J.H. Woods, D.A. Fell
Reaction routes in biochemical reaction systems: algebraic properties, validated calculation procedure and example from nucleotide metabolism
Journal of Mathematical Biology 45, 2002, 153-181
bibtex | abstract |  doi  |  PudMed-ID: 12181603 ]

T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer
Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathway
Science 292, 2001, 504-507
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 11283355 ]

S. Schuster, DA. Fell, T. Dandekar
A general definition of metabolic pathways useful for systematic organization and analysis of complex metabolic networks
Nat Biotechnol 18, 2000, 326-332
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 10700151 ]

S. Schuster, T. Dandekar, D.A. Fell
Detection of elementary flux modes in biochemical networks: a promising tool for pathway analysis and metabolic engineering
Trends in Biotechnology 17, 1999, 53-60
bibtex | abstract |  doi  |  PudMed-ID: 10087604 ]

S. Schuster, D. Kahn, H.V. Westerhoff
Modular analysis of the control of complex metabolic pathways
Biophysical Chemistry 48, 1993, 1-17
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 8257764 ]

Redaktionsbeirat Inhalt einblenden

2000-2008 Mitherausgeber und seit 2009 einer der Herausgeber der Zeitschrift BioSystems.

BioSystems ist eine wissenschaftliche Fachzeitschrift der interdisziplinären experimentellen und theoretischen Forschung. Das Themenspektrum der Zeitschrift verbindet die Fachgebiete der Biologie, Evolutionstheorie und Informatik miteinander. Die Fachgebiete bilden eine Art Kreis, der die Grundlagen der biologischen Informationsverarbeitung, die Computersimulation komplexer biologischer Systeme, evolutionäre Modelle der Numerik, die Anwendung biologischer Prinzipien auf den Entwurf neuer Computer und den Einsatz biomolekularer Materialien umfasst.

Lehre Inhalt einblenden

Von 1985-2003 habe ich eine Vielzahl von Veranstaltungen in den Studienprogrammen der Biophysik durchgeführt, z.B. in der  Allgemeinen Biophysik,  Biologischen Thermodynamik , Biologischen Systemtheorie, Klassischen Mechanik und Hydrodynamik.

Außerdem habe ich Vorlesungsreihen zur  "Modellierung von biochemischen Reaktionssystemen" an der Universität Stuttgart und am Max-Planck-Institut in Magdeburg gehalten.

Seit ich an der Friedrich-Schiller in Jena arbeite, gebe ich Vorlesungen zur "Einführung in die Bioinformatik", "Metabolische und Regulatorische  Netzwerke",  "3D-Strukturen biologischer  Makromoleküle" und "Opimalitätsprinzipien in der Evolution".

Alle Lehrveranstaltungen sind hier zu finden:  https://www.schleiden.uni-jena.de/Bioinformatik_Lehre.html

Forschung Inhalt einblenden
Diese Seite teilen
Die Uni Jena in den sozialen Medien:
Ausgezeichnet studieren:
  • Logo der Initiative "Total E-Quality"
  • Logo des Best Practice-Club "Familie in der Hochschule"
  • Logo des Projekts "Partnerhochschule des Spitzensports"
  • Qualitätssiegel der Stiftung Akkreditierungsrat - System akkreditiert
Zurück zum Seitenanfang