Arbeitsplatz Bioinformatik

Prof. Dr. Stefan Schuster

Professur für Bioinformatik
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Wissenschaftlicher Lebenslauf Inhalt einblenden

1981-1986: Grundstudium Biophysik an der Humboldt-Universität Berlin

1986-1988: Studium Theoretische Biophysik an der Humboldt-Universität Berlin
(Leiter: Professor Reinhart Heinrich)

1988: Doktorarbeit zum Thema "Theoretical studies on the interrelation between time hierarchy in enzymatic reaction systems and optimization principles." Für diese Arbeit bekam ich die Titel Dr. rer. nat. and Dr. sc. nat. zuerkannt.

1988-1991: Postdoc an der Humboldt-Universität Berlin, in der Arbeitsgruppe von Reinhart Heinrich

September 1991-November 1992: Postdoc an der Universität Bordeaux II, in der Arbeitsgruppe von Professor Jean-Pierre Mazat

Dezember 1992-März 1993: Postdoc am Netherlands Cancer Institute, in der Arbeitsgruppe von Dr. Hans Westerhoff

Mai 1993-April 1997: Oberassistent und Dozent der Biophysik an der Humboldt-Universität Berlin, in der Arbeitsgruppe von Reinhart Heinrich

1996: Berufung zum Privatdozent  in  der Theoretischen Biophysik

Mai 1997-April 2003: Wissenschaftler am  Max-Delbrück-Zentrum, Berlin-Buch, weiterhin Lehre  an der Humboldt-Universität Berlin

August-Oktober 1997: Gastwissenschaftler an der Universität Marburg (Slowenien), Lehrstuhl Physik, in der Arbeitsgruppe von Professor Milan Brumen

August 1998-April 2003: Finanzierung durch ein Heisenbergstipendium der DFG

November/Dezember 1998: Arbeitsaufenthalt an der Universität  Stuttgart, Institut Bioengineering

Seit Mai 2003: Leiter des Lehrstuhls Bioinformatik an der Friedrich-Schiller-Universität Jena

Seit 2008: Mitglied des  Wissenschaftlichen Beirats  des  Max-Planck-Instituts für  Molekulare Pflanzenphysiologie  Golm

Seit 2008: Co-Sprecher des  "Jena Centre for Bioinformatics"

Publikationen Inhalt einblenden

Alle Publikation von Prof. Schuster ab 1987  finden Sie auf der Publikationsseite des Lehrstuhls:

http://hades.bioinf.uni-jena.de/LitDB/php/pubindex.php

Hier eine Auswahl aus der Publikationsliste:

P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster
The definition of open reading frame revisited
Trends in Genetics 34, 2018, 167-170
bibtex | abstract |  doi  ]

S. Schuster
A new solution concept for the ultimatum game leading to the Golden Ratio
Scientific Reports 7, 2017, 5642
bibtex | abstract |  doi  ]

S. Schuster, M. Fichtner, S. Sasso
Use of Fibonacci numbers in lipidomics - Enumerating various classes of fatty acids
Scientific Reports 7, 2017, 39821
bibtex | abstract |  doi  ]

S. Pande, H. Merker, K. Bohl, M. Reichelt, S. Schuster, L.F. de Figueiredo, C. Kaleta , C. Kost
Fitness and stability of obligate cross-feeding interactions that emerge upon gene loss in bacteria
ISME Journal 8, 2014, 953–962
bibtex |  doi  ]

K. Schmeisser, J. Mansfeld, D. Kuhlow, S. Weimer, K. Zarse, S. Priebe, I. Heiland, M. Birringer, M. Groth, A Segref, C. Werner, S. Schmeisser, S. Schuster, A. Pfeiffer, R. Guthke, M. Platzer, T. Hoppe, H. Cohen, D. Sinclair, M. Ristow
Role of sirtuins in lifespan regulation is linked to methylation of nicotinamide
Nature Chemical Biology 9, 2013, 693-700
bibtex |  doi  ]

F. Wessely, M. Bartl, R. Guthke, P. Li, S. Schuster, C. Kaleta
Optimal regulatory strategies for metabolic pathways in Escherichia coli depending on protein costs.
Molecular Systems Biology 7, 2011, 515
bibtex | abstract |  doi  |  url  |  PudMed-ID: 21772263 ]

A. Rezola, L. F. de Figueiredo, M. Brock, J. Pey, A. Podhorski, C. Wittmann, S. Schuster, A. Bockmayr, F.J. Planes
Exploring metabolic pathways in genome-scale networks via generating flux modes.
Bioinformatics 27 (4), Feb, 2011, 534-540
bibtex | abstract |  doi  |  PudMed-ID: 21149278 ]

S. Schuster, T. Pfeiffer, D.A. Fell
Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by evolution?
Journal of Theoretical Biology 252, 2008, 497-504
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 18249414 ]

A. von Kamp, S. Schuster
Metatool 5.0: fast and flexible elementary modes analysis
Bioinformatics 22, 2006, 1930-1931
bibtex | abstract |  pdf  |  PudMed-ID: 16731697 ]

J.A. Papin, J. Stelling, N.D. Price, S. Klamt, S. Schuster, B.O. Palsson
Comparison of network-based pathway analysis methods.
Trends in Biotechnology 22, 2004, 400-405
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 15283984 ]

J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, ED. Gilles
Metabolic network structure determines key aspects of functionality and regulation.
Nature 420 (6912), 2002, 190-193
bibtex |  PudMed-ID: 12432396 ]

S. Schuster, M. Marhl, T. Höfer
Modelling of simple and complex calcium oscillations. From single-cell responses to intercellular signalling.
European Journal of Biochemistry 269, 2002, 1333-1355
bibtex |  doi  |  PudMed-ID: 11874447 ]

S. Schuster, T. Pfeiffer, F. Moldenhauer, I. Koch, T. Dandekar
Exploring the pathway structure of metabolism: decomposition into subnetworks and application to Mycoplasma pneumoniae
Bioinformatics 18, 2002, 351-361
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 11847093 ]

S. Schuster, C. Hilgetag, J.H. Woods, D.A. Fell
Reaction routes in biochemical reaction systems: algebraic properties, validated calculation procedure and example from nucleotide metabolism
Journal of Mathematical Biology 45, 2002, 153-181
bibtex | abstract |  doi  |  PudMed-ID: 12181603 ]

T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer
Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathway
Science 292, 2001, 504-507
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 11283355 ]

S. Schuster, DA. Fell, T. Dandekar
A general definition of metabolic pathways useful for systematic organization and analysis of complex metabolic networks
Nat Biotechnol 18, 2000, 326-332
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 10700151 ]

S. Schuster, T. Dandekar, D.A. Fell
Detection of elementary flux modes in biochemical networks: a promising tool for pathway analysis and metabolic engineering
Trends in Biotechnology 17, 1999, 53-60
bibtex | abstract |  doi  |  PudMed-ID: 10087604 ]

S. Schuster, D. Kahn, H.V. Westerhoff
Modular analysis of the control of complex metabolic pathways
Biophysical Chemistry 48, 1993, 1-17
bibtex | abstract |  PudMed-ID: 8257764 ]

Redaktionsbeirat Inhalt einblenden

2000-2008 Mitherausgeber und seit 2009 einer der Herausgeber der Zeitschrift BioSystems.

BioSystems ist eine wissenschaftliche Fachzeitschrift der interdisziplinären experimentellen und theoretischen Forschung. Das Themenspektrum der Zeitschrift verbindet die Fachgebiete der Biologie, Evolutionstheorie und Informatik miteinander. Die Fachgebiete bilden eine Art Kreis, der die Grundlagen der biologischen Informationsverarbeitung, die Computersimulation komplexer biologischer Systeme, evolutionäre Modelle der Numerik, die Anwendung biologischer Prinzipien auf den Entwurf neuer Computer und den Einsatz biomolekularer Materialien umfasst.

Lehre Inhalt einblenden

Von 1985-2003 habe ich eine Vielzahl von Veranstaltungen in den Studienprogrammen der Biophysik durchgeführt, z.B. in der  Allgemeine Biophysik,  Biologischen Thermodynamik , Biologischen Systemtheorie, Klassischen Mechanik und Hydrodynamik.

Außerdem habe ich Vorlesungsreihen zur  "Modellierung von biochemischen Reaktionssystemen" an der Universität Stuttgart und am Max-Planck-Institut in Magdeburg gehalten.

Seit ich an der Friedrich-Schiller in Jena arbeite, gebe ich Vorlesungen zur "Einführung in die Bioinformatik", "Metabolische und Regulatorische  Netzwerke",  "3D-Strukturen biologischer  Makromoleküle" und "Opimalitätsprinzipien in der Evolution".

Alle Lehrveranstaltungen sind hier zu finden:  https://www.schleiden.uni-jena.de/Bioinformatik_Lehre.html

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