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Lehre in der Bioinformatik

Zugang zu Skripten und Übungsaufgaben
Achtung
Das Passwort für die Skripte und Übungsaufgaben wurde am 20. September 2018 geändert.
Für den Benutzer bioinformatik gilt somit  ab jetzt ein neues Passwort.

Das neue Passwort wird in den Vorlesungen und Übungen bekanntgegeben.
Nachfragen per E-Mail sind zwecklos! Bei Bedarf vor Beginn des Semesters ggf. im Lehrstuhl persönlich nachfragen.

Wintersemester

Einführung in die Bioinformatik:Angewandter Teil,Vorlesung und Übung Inhalt einblenden

Vorlesung Donnerstag 10-12 Uhr, SR 130 CZ

Hier finden Sie die Skripte zur Vorlesung und die Übungsaufgaben des aktuellen Semesters.

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Optimalitätsprinzipien in der Evolution, Vorlesung und Übung Inhalt einblenden

Vorlesung Dienstag 10-12 Uhr, SR 123 CZ

Hier finden Sie die Skripte zur Vorlesung und die Übungsaufgaben des aktuellen Semesters.

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3D-Strukturen biologischer Makromoleküle Inhalt einblenden

Die Vorlesung und Übung "3D-Strukkturen biologischer Makromoleküle" wird ab dem Wintersemester 2018/19 wieder regulär nur im Wintersemester angeboten.

Vorlesung: Prof. Dr. Stefan Schuster
Mittwoch 8-10 Uhr, SR 222 CZ3

Hier finden Sie die Skripte zur Vorlesung und die Übungsaufgaben des aktuellen Semesters.

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Literaturseminar Theoretische Systembiologie Inhalt einblenden

Literaturseminar Dienstag 13-15 Uhr, SR 3423 EAP 2

Beginn: 23.10.2018

Sommersemester

Einführung in die Bioinformatik II (1. Teil): Vorlesung und Übung Inhalt einblenden

Hier finden Sie die Skripte zur Vorlesung und die Übungsaufgaben des aktuellen Semesters.

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Metabolische und regulatorische Netzwerke: Vorlesung, Praktikum und Übung Inhalt einblenden

Hier finden Sie die Skripte zur Vorlesung und die Übungsaufgaben des aktuellen Semesters.

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Proseminar "Recherche in molekularbiologischen Datenbanken" Inhalt einblenden

Hier finden Sie alle Informationen zum Proseminar.

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VL Molekulare Algorithmen' (Modul FMI-BI0050) Inhalt einblenden

Bei "Mehr erfahren" erfolgt ein Link zur externen Seite von PD Dr. Thomas Hinze zu dieser Veranstaltung.

Themen für Graduiertenarbeiten

Hanfried mit Kranz ©biw

Allgemeine Hinweise:
- DieThemen werden z.T. sowohl bei den Bachelor- als auch bei den Masterarbeiten angeboten. Diese  werden dann dem jeweiligen Umfang angepasst.
- Die Themen können wie angegeben oder in abgewandelter Form auch für das Projektmodul Bioinformatik verwendet werden.


Bachelorarbeiten

    • Ermittlung der Elementarmoden für ein spezifisches Teilsystem des Metabolismus in einem spezifischen Organismus  Details
      Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
    • Möglichkeiten der Substitution von Vitamin B3 durch Tryptophan  Details
      Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
    • Auswirkungen der traditionellen, sehr fettreichen Ernährung von Eskimos auf deren Lebensspanne - Literaturübersicht
      Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
    • Vergleich des aus unterschiedlich effizienter Ressourcennutzung resultierenden Gefangenendilemmas im Metabolismus und in der Konkurrenz von Wirtschaftsbetrieben. 
      Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
    • Vergleich von Coiled-coil-Strukturen in Proteinen mit Flechtstrukturen in Kordeln und Seilen. 
      Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster

 

  • Themenkomplex "Identifizierung, Modellierung und Simulation (bio)chemischer Signalverarbeitungsmodule".
    Betreuer: PD Dr. Thomas Hinze, in Kooperation mit  Dr. Siegbert Hopfgarten (TU Ilmenau, Institut für Automatisierungs- und Systemtechnik)

Spezielle Themen dabei können sein:

  • Tief-, Hoch- und Bandpassfilter mit konfigurierbaren Frequenzgängen
  • Verstärker und Dämpfungselemente (z.B. gleitende Mittelwertbildner)
  • Modulatoren und Transmitter (kennlinienbasierte Signalwandler)
  • logische und arithmetische Verknüpfungseinheiten
  • Signalintegratoren
  • Differenzierglieder
  • Signalvergleicher
  • Verzögerungselemente (z.B. Totzeitglieder)
  • Speicher
  • Taktgeneratoren und Dirac-Elemente (Impulsgeneratoren)
  • Sensoren

Es bietet sich an, pro Bachelorarbeit eine Auswahl von zwei bis drei der Modulklassen zu treffen.

  • Globaler Transport von Organismen in künstlichen als auch natürlichen Transportsystemen   Details
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Evolutionäre Spieltheorie und agentenbasierte Simulationen zur Modellierung der Interaktion von Mikroorganismen, welche biotechnologisch relevante Substanzen sekretieren. 
    Betreuer: N.N.
  • Neues Muskelmodell (einer Muskelzelle) basierend auf den Ansätzen der Systembiologie.
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Vergleich der artspezifischen Proteinstruktur von Myosin, Actin und Titin und mögliche neue Wege der Evolution (Sequenzanalyse).
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Evolutionärer Vorteil verschiedener Sarkomerlängen/Fasertypen im Muskel zwischen verschiedenen Arten (Finite-Elemente-Methode: Simulation & Auswertung).
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Individuenbasierte Modellierung von Fusions- und Teilungsprozessen bei Fledermausgruppen - eine Optimierung der idealen Gruppengröße.
    Betreuer: N.N.
  • Modellierung von Altruismus - Investition in eine sub-optimale, aber vorhersehbare Resourcenversorgung.
    Betreuer: N.N.
  • Entwicklung eines spieltheoretischen Modells der Interaktion bei parasitischen und nichtparasitischen Zygomyceten. 
    Betreuer: N.N.
  • Entwicklung eines spieltheoretischen Modells des Austausch von Intermediaten in der Trisporsäure-Synthese bei Zygomyceten.
    Betreuer: N.N.
  • Hochdurchsatzverfahren in molekularevolutionären Analysen von Pflanzengenomen durch next-generation Sequenzierung.
    Betreuer: Dr. Andrew Heidel   Details
  • Elementarmodenanalyse eines Teilnetzwerkes des Metabolismus von Caenorhabditis elegans. 
    Betreuer: N.N.
  • Metabolische Pathway-Analyse in kürzlich publizierten Genom-skaligen Netzwerken.
    Betreuer: N.N.
  • Alternatives Spleißen in Pilzen – Literaturübersicht
    Betreuerin: Patricia Sieber

 Masterarbeiten

Weitere Themen sind in Absprache mit dem Lehrstuhl ebenfalls möglich.

Hinweis: die Links zu den Details auf dieser Seite sind passwortgeschützt.

                Login und Passwort entsprechen denen unserer Lehrveranstaltungen.
                Interessenten aus anderen Einrichtungen wenden sich bitte an die Mitarbeiter in der  
                Bioinformatik

  • Vergleich der Bindungseigenschaften planarer und nichtplanarer Liganden
    Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
  • Ermittlung der Elementarmoden für ein spezifisches Teilsystem des Metabolismus in einem spezifischen Organismus. Details
    Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
  • Umfassender Vergleich zweier Ansätze (Elementarmoden / Petrinetz T-Invarianten) zur strukturellen Netzwerkanalyse. Details
    Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
  • Modellierung der optimalen Häufigkeitsverteilung von Aminosäuren in Proteinen aufgrund von energetischen und informationstheoretischen Kriterien. Details
    Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
  • Aufklärung der Aktivität und Regulation neuer Reaktionswege im zentralen Metabolismus von Escherichia coli. Details
    Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
  • Berechnung struktureller Kontrollkoeffizienten in metabolischen Netzwerken. Details
    Betreuer: Prof. Dr. Stefan Schuster
  • Evolutionäre Spieltheorie und agentenbasierte Simulationen zur Modellierung der Interaktion von Organismen (z.B. menschliches Immunsystem – pathogene Pilze, Kommunikation von Mikroorganismen). Details 
    Betreuer: N.N.
  • Neues Muskelmodell (einer Muskelzelle) basierend auf den Ansätzen der Systembiologie.
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Vergleich der artspezifischen Proteinstruktur von Myosin, Actin und Titin und mögliche neue Wege der Evolution (Sequenzanalyse).
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Evolutionärer Vorteil verschiedener Sarkomerlängen/Fasertypen im Muskel zwischen verschiedenen Arten (Finite-Elemente-Methode: Simulation & Auswertung).
    Betreuer: Dr. Heiko Stark
  • Hochdurchsatzverfahren in molekularevolutionären Analysen von Pflanzengenomen durch next-generation Sequenzierung.
    Betreuer: Dr. Andrew Heidel   Details
  • Konkurrenz um Wasser zwischen Savannensträuchern – Test verschiedener Szenarios des Wurzelwachstums. 
    Betreuerin: Dr. Jana Schleicher
  • Globaler Transport von Organismen in künstlichen als auch natürlichen Transportsystemen   Details
    Betreuer: Dr. Heiko Stark

Kontakt:

Die E-Mail-Adressen, Raumnummern und Telefonnummmern der Betreuer finden Sie im Mitarbeiterverzeichnis der Professur für Bioinformatik.

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