Netzwerke

Software zur Simulation des Stoffwechsels

Die unten aufgeführte Software ist für akademische Nutzer und für Testzwecke frei verfügbar.

Bei einer geplanten kommerziellen Nutzung wenden Sie sich bitte an uns wegen eines Nutzungsvertrages.

Programm

Beschreibung
METATOOL 5.1

Programm zur Berechnung der Nullraummatrizen, Elementarmoden und anderen strukturellen Eigenschaften von biochemischen Reaktionsnetzwerken.

Octave- und Matlabversion verfügbar.

Vorgängerversion 5.0 METATOOL 4.x

Programm zur Berechnung der Nullraummatrizen, Elementarmoden und anderen strukturellen Eigenschaften von biochemischen Reaktionsnetzwerken.

Einzelplatzversion

BlockDiag

Programm zur Berechnung und Blockdiagonalisierung der Nullraummatrizen zu stöchiometrischen Matrizen  von chemischen Reaktionsnetzwerken.

 OptiMode

Programm zur Bestimmung von Elementarmoden mit der höchsten molaren Ausbeute für ein spezifisches Substrat-Produkt-Paar in der Ausgabedatei von METATOOL.

  Separator

Programm zur Zerlegung von grossen biochemischen Netzwerken in kleinere Netzwerke.

Reducing the number of modes

Ein Programm zur Berechnung von Elementarmoden bei verschiedener Einteilung in externe und interne Metabolite und zur Berechnung der annähernden kleinsten Zahl von Modi.

NAD+ metabolism

Visualisierung von allen Elementarmoden mit Metatool 5.1. bei der Analyse des NAD+-Stoffwechselnetzwerks.

Mehr Details dazu sind in der Publikation de Figueiredo et al. 2011 zu finden.

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