Molekülmodell

Gene und Biomoleküle

Schuster, Stefan, Univ.-Prof. Dr.
Professur für Bioinformatik
Telefon
+49 3641 9-49580
Fax
+49 3641 9-46452
Raum 3403
Ernst-Abbe-Platz 1-2
07743 Jena
Prof. Dr. Stefan Schuster
Sieber, Patricia
Professur für Bioinformatik
Telefon
+49 3641 9-49581
Fax
+49 3641 9-46452
Raum 3427
Ernst-Abbe-Platz 1-2
07743 Jena
Patricia Sieber
Fichtner, Maximilian
Professur für Bioinformatik
Telefon
+49 3641 9-49584
Fax
+49 3641 9-46452
Raum 3424
Ernst-Abbe-Platz 1-2
07743 Jena
Maximilian Fichtner
Then, Andre
Professur für Bioinformatik
Telefon
+49 3641 +49 3641 949584
Fax
+49 3641 +49 3641 946452
Raum 3424
Ernst-Abbe-Platz 1-2
07743 Jena
Andre Then

Alternatives Spleißen in Pilzen (Patricia Sieber)

Projektbeschreibung Inhalt einblenden

Hoch entwickelte Eukaryoten aber auch Pilze können mRNA in unterschiedlicher Weise spleißen. Doch es ist nicht bekannt, in wie weit dieser Mechanismus bei Pilzen verbreitet ist und welche zellulären Prozesse davon betroffen sind. Spielt alternatives Spleißen eine Rolle bei der Unterscheidung zu einzelligen Pilzen oder beeinflusst es die Pathogenität?
Wir analysieren RNA-Seq-Daten, um Antworten auf diese Fragen zu finden. Dabei sind vor allem Pilzspezies wie Candida albicans, Aspergillus fumigatus und Cryptococcus neoformans für uns von großem Interesse. Wir verwenden verschiedene Software, um alternativ gespleißte Gene zu bestimmen. Diese werden anschließend näher betrachtet, um Rückschlüsse auf die biologische Funktion des alternativen Spleißens zu ziehen. Dabei wird vor allem auch die Regulierung in verschiedenen Pilzspezies betrachtet und der phylogenetische Zusammenhang analysiert.

Ausgewählte Literatur Inhalt einblenden
  • J. Linde, S. Duggan, M. Weber, F. Horn, P. Sieber, D. Hellwig, K. Riege, M. Marz, R. Martin, R. Guthke, O. Kurzai
    Defining the transcriptomic landscape of Candida glabrata by RNA-Seq.
    Nucleic acids research 43, 2015, 1392-1406
  • P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster
    The definition of open reading frame revisited.
    Trends in Genetics 34, 2018, 167-170

Proteinalterung (Maximilian Fichtner)

Projektbeschreibung Inhalt einblenden

Der Schwerpunkt des Projekts liegt auf altersbedingten Proteinschäden, die zu Aggregaten führen. Diese können nicht mehr abgebaut werden und reichern sich an, bis die Zelle funktionell stark eingeschränkt ist und schließlich die Apoptose einleitet. Ziel ist es, die am meisten oder auch am wenigsten anfälligen Ziele in Bezug auf oxidativen Schaden zu ermitteln. Auch strukturelle Informationen und bekannte Aggregatproteine werden einbezogen. Weiterhin werden funktionelle Zusammenhänge und Domänen in diesem Kontext untersucht.

Amino- und Fettsäurenkombinatorik (Maximilian Fichtner)

Projektbeschreibung Inhalt einblenden

In diesem Projekt werden die kombinatorischen Möglichkeiten aliphatischer Aminosäuren und Fettsäuren untersucht. Hierzu werden Molekülklassen mit bestimmten Einschränkungen gewählt, da eine erschöpfende Auflistung nicht praktikabel ist. Es werden mathematische Berechnungen wie z.B. Rekursionen zu den erhaltenen Zahlenfolgen durchgeführt. Zusätzlich wird durch Literaturrecherche verifiziert, welche Kombinationen real in Organismen synthetisiert werden. Hierbei zeigte sich, dass viele nichtproteinogene toxische Aminosäuren aus Pilzen stammen.

Ausgewählte Literatur Inhalt einblenden
  • S. Schuster, M. Fichtner, S. Sasso
    Use of Fibonacci numbers in lipidomics - Enumerating various classes of fatty acids
    Scientific Reports 7, 2017, 39821
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28071669
  • M. Fichtner, K. Voigt, S. Schuster
    The tip and hidden part of the iceberg: Proteinogenic and non-proteinogenic aliphatic amino acids
    Biochimica and Biophysica Acta - General Subjects 1861 ( 1, Part A), 2017, 3258-3269
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27554846

Bioinformatische Analyse von Ringstrukturen (Andre Then)

Projektbeschreibung Inhalt einblenden

In diesem Projekt analysieren wir die geometrischen Eigenschaften von Ringstrukturen diverser Moleküle. Wir wenden Methoden der Datenanalyse auf zur Verfügung stehende Strukturinformationen an, um Beziehungen zwischen Struktureigenschaften von Liganden und den Bindetaschen der korrespondierenden Proteine zu identifizieren. Wir sind besonders interessiert an der Identifikation möglichst einfacher Kenngrößen für die Vorhersage und Quantifizierung von Planarität in Ringstrukturen sowie der Darstellung der biologischen Relevanz. Das grundlegende Ziel besteht darin, ein genaueres Verständnis der Gründe für die immense Variabilität im Hinblick auf die strukturelle Komplexität von Liganden zu erlangen.

Ausgewählte Literatur Inhalt einblenden
  • J. Behre, R. Voigt, I. Althöfer, S. Schuster
    On the evolutionary significance of the size and planarity of the proline ring
    Naturwissenschaften 99, 2012, 789-799
Diese Seite teilen
Die Uni Jena in den sozialen Medien:
Ausgezeichnet studieren:
  • Logo der Initiative "Total E-Quality"
  • Logo des Best Practice-Club "Familie in der Hochschule"
  • Logo des Projekts "Partnerhochschule des Spitzensports"
Zurück zum Seitenanfang